粪便污染问题
除了畜禽粪便中的重金属，工业化养殖本身造成的粪便污染就非常严重。除了冲天的臭气，固体废弃物与污水排放也非常严重。北京8月30日电 (记者 陈溯)中国国家发展和改革委员会农村经济司司长吴晓30日在北京表示：
目前中国每年产生畜禽粪污总量达到近40亿吨，畜禽养殖业排放物化学需氧量达到1268万吨，占农业源排放总量的96%，是造成农业面源污染的重要原因。以畜禽粪便为主的各类有机肥资源折合成养分约7400多万吨，但实际利用率不足40%，工厂化养殖产生的大量畜禽粪便得不到有效利用，成为重要污染源。
鉴于此，建议国家对工厂化养殖列入工业项目严格管理，对水、空气、固体废弃物、重金属污染等必须予以严格管控。
病死动物污染问题
由于活动空间小，各种激素抗生素重金属添加，动物异速生长，工厂化养殖动物死亡率明显高于自由散养的动物，如工厂化养鸡死亡率3-10%，病死或淘汰的动物尸体造成严重的病死动物污染，并可能传播疾病。一些病死动物，曾经有一段时间被不法分子作为原料进行食品加工，进入了人类食物链，国家加大打击力度后就向江河湖泊海洋倾倒。2013年3月10日，黄浦江漂来令人作呕的死猪，工作人员打捞的死猪数量超过了13000头，部分死猪身上还被检测出猪圆环病毒，对饮用水水源造成潜在威胁。
工厂化养殖成本低，环境污染大，要作为工业项目管理。其生产出来的肉要明白告诉消费者，其提供的营养快餐，是大众普遍认可的“垃圾食品”，不能混在生态养殖的动物肉中销售。待消费者普遍觉醒后，因工业化养殖的肉无人问津，逐渐转变为生态养殖。我国乡村或草原林地的生态空间是足够发展生态养殖的。
在乡村振兴中，要找理想的生态空间，将上述动物们释放出来。这些空间很有多，林下，果园下可以养鸡、鸭、猪;池塘湿地或稻田湿地可以养鸭;高杆的玉米地或林下可以养鹅;更广袤的草原可以养鸡和鹅;养猪有一定的猪舍，要达到10个月或一年以上;养牛要给牛一定的自由空间，牛舍周边大量种植本地植物，从而使牛生长在树林里。有良好的生态空间，牛就不容易生病，同时还美化了生态环境。无论养殖什么动物，最好自制饲料，用纯粮食做为饲料，不要添加激素、抗生物、动物内脏等成分，从而保障养殖场无臭味。健康的生态环境，加上健康的饲料，动物自由生长，这样的食物才是优质的动物产品。
生态养殖杜绝工业化饲料，告别重金属与抗生素激素污染，这样的肥料是优质的有机肥，简单堆沤发酵后就可以回到农田作为优质肥料。工厂化养殖普通食品去除重金属污染，这样的肉优质优价，在市场上有很强的竞争力，还不容易造成产品滞销。