第一节 乡村驯化物种多样性
乡村中的家禽与畜类均来自野生动物物种驯化。在长期的生产实践中，人类最早根据外貌选择最合自己需要的畜禽留作种用，逐步积累了选育经验。家禽家畜育种的目的，或以提高遗传品质为目的，通过杂交造成基因新组合，或通过其他引变手段使群体中出现新的变异，从中选择具有理想质量性状和高水平数量性状的个体，增加其繁殖机会。如此反复进行可使畜禽遗传品质不断提高；或以利用杂种优势为目的选择优良个体或家系组成基础群，通过小群闭锁繁育来优化和提纯亲本系，然后进行各系间杂交以选择配合力好的杂交组合，再扩繁配合力好的配套系，并由繁殖场按照良好的组合进行杂交，大量生产商品畜禽。显然，早先人类驯化动物用的是传统的育种，而后者则是现代农业常规做法。
乡村驯化动物多样性以“六畜”最具代表性。六畜，泛指家畜。《周礼·天官·庖人》：“庖人掌共六畜、六兽、六禽，辨其名物。“《左传·昭公二十五年》：“为六畜、五牲、三牺，以奉五味。”杜预注曰：“为六畜：马、牛、羊、鸡、犬、豕。”南宋王应麟编写的《三字经》中也有：“马牛羊，鸡犬豕。此六畜，人所饲。” “五谷丰登，六畜兴旺”。《现代汉语词典》：“指猪、牛、羊、马、鸡、狗。”
早在远古时期，根据人类祖先自身生活的需要和对动物世界的认识程度，先后选择了马、牛、羊、鸡、狗和猪进行饲养驯化，经过漫长的岁月，逐渐成为家畜。牛能耕田，马能负重致远，羊能供备祭器，鸡能司晨报晓，犬能守夜防患，猪能宴飨速宾。六畜各有所长，在悠远的农业社会里，为人们的生活提供了基本保障。在六畜中，除鸡外都是四条腿的，是哺乳动物，而鸡是两条腿的鸟类。古人讲鸡列为“六畜”之一，完全是从实际需要出发的，古人也没有分类学的知识。
六畜中的马牛羊为食草动物。马是古代战争和交通的重要工具，又是肉食品重要来源之一；属于战略物资，历来为人们所高度重视。秦朝颁布《厩苑律》“盗马者死,盗牛者加(枷)”, 意思是 盗马的人处死,盗牛的人判枷刑,牛在牛耕时代担负着繁重的体力劳动，是人们生产劳动中不可或缺的好帮手，理应受到尊重；羊性格温顺，在古代象征着吉祥如意，人们在祭祀祖先的时候，羊又是第一祭品，羊更有“跪乳之恩”而受人尊敬。鸡、犬、猪为杂食动物，是人类非常重要肉食品来源。
动物种类成千上万，惟有六畜和人的关系最为密切，它们的品种优化，有的一专多能，这都是人类农业史上值得大书特书的。其实，除了马、牛、羊、猪、狗、鸡六种家畜外，还包括骆驼、驴、鸭、鹅等家畜家禽。马、牛、羊多见于青铜时代文化遗址，与游牧生活方式有关；猪、狗、鸡常见于新石器时代文化遗址，与定居农业生产方式相关。夏、商、周三代六畜逐渐齐备，表明东方定居农业文化与西来游牧文化的混合。马是游牧文化的标志，从青铜时代开始成为显贵的家畜；猪是东亚新石器时代最重要的家畜，是定居农业文化的象征。六畜概念始见于春秋战国时代文献，猪和马的相对重要性意味着定居农业文化和游牧文化的消长。六畜在传统中有丰富的文化内含。
我国是世界上最早将野猪驯化为家猪的国家；也是世界上已知最早养鸡的国家；犬又名狗是中国最早驯养的家畜；马是中国历史上最重要的役畜之一，被奉为六畜之首，中国是世界上最早养马的国家之一；牛是中国最早驯养的动物之一，包括黄牛、水牛、牦牛三大类；羊也是中国最早驯化的动物之一，包括绵羊和山羊，中国是家羊起源地之一。这代表了二十世纪九十年代中国农史学界对六畜起源的基本看法：猪、狗、鸡是中国最早驯化的，马、牛、羊也不是外来的。中国科学院昆明动物研究所张亚平院士等对狗、猪、驴等进行了分子遗传学研究，认为猪、狗是东亚本土驯化的，驴肯定来自中亚、西亚或埃及。
许多研究表明，中国古代马的母系遗传呈现高度多样性，既有本地驯化，也有外来基因交流。我国养马可以上溯到新石器时代，龙山文化遗址中发现有马骨。但也有不同观点。关于中国家马何时何地起源有几种不同看法：一是认为马、马车等从遥远的西方传入；二是认为至迟在新石器时代（公元前9000-6000年），中国人已驯服马和养马；三是认为"在新石器时代末的龙山文化中出现了已家畜化的马"或"在中国养马、驯马和用马的历史,至迟可以追溯到龙山文化时期"。中国家马品种丰富。地方品种有：哈萨克马、贵州马、关中马、蒙古马、河曲马、西藏马、关山马、云南马、广西马、文山马、乌蒙马、大理马、建昌马、腾冲马、中甸马等。培育品种有：蒙古的三河马、新疆的伊犁马等。
新石器时代羊主要是食用，青铜时代羊毛日显重要。进入青铜时代之后，西亚一些遗址中的纺轮逐渐增多，剥皮工具却有所减少；山羊和绵羊的比例亦发生了相应的变化。这意味着羊毛逐渐成了重要纺织或编织原料。大约公元前1000年西亚发明了铁制羊毛剪，加速了对羊毛的开发利用。巴比伦帝国羊毛、谷物、油并立为三大物产；古希腊亦以绵羊、油橄榄、小麦为主要产品。羊是财富的象征，羊毛被称之为软黄金；金羊毛故事广为流传。东亚较早利用羊毛制品的是北方或西北游牧民。新疆出土青铜时代毛制品，与中亚毛纺织传统一脉相承，特别是其中的斜纹织物（Twill）至今在欧洲流行。中国以丝绸和布衣著称，羊毛衫、毛裤到二十世纪才普及。
养猪是东亚定居农业生活的传统，无“豕”不成“家”。野猪(Sus scrofa)与粟一样广泛分布于欧亚大陆及其附近岛屿，遗传学研究表明欧洲和东亚家猪有明显的不同，分别起源于西亚和东亚，欧洲和南亚亦可能是家猪的起源地之一。西亚是公认的家猪起源地。东亚家猪源于东亚野猪[19]，但具体的时间和地点还难以确定。通过来自中国、东南亚、印度的567只家猪和155只野猪的mtDNA研究表明东亚家猪和野家可追溯到同一世系D，其中包含多个支系D2、D3、D4、D1b和D1a2；根据系统发育地理图可推断湄公河流域是驯化中心，然后分别向西北和东北方向分布。
中国可能是世界上最早养鸡的国家。江西万年仙人洞和陕西半坡遗址中发现了原鸡的遗骨，说明原鸡在长江和黄河流域都有分布。河北省武安磁山、河南省新郑裴李岗、山东滕县北辛遗址等有鸡骨出土，可能是家鸡，是目前世界最早记录。仰韶文化和龙山文化遗址中常有鸡骨或陶鸡出土，鸡可能是唯一家禽。甲骨文有鸡字，为“鸟”旁加“奚”的形声字；殷墟发现有作为牺牲的鸡骨架，鸡为六畜之一。家鸡源于红原鸡，红原鸡分布于中国、印度、缅甸、菲律宾等国家。达尔文提出家鸡是由红原鸡驯化而来，这已被线粒体DNA研究证实。一般认为西亚或西方家鸡源于印度河流域哈拉帕文化（2500-2100 B.C.）。印度和中国不约而同地驯养鸡是可能的。